2025年天津市海河医院单细胞个体化分析与小鼠肺ATAC+RNA多组学联合项目(

项目编号:TJBD-2025-C-580)公开招标公告

(招标编号:TJBD-2025-C-580)

项目所在地区:天津市

一、招标条件

本2025年天津市海河医院单细胞个体化分析与小鼠肺ATAC+RNA多组学联合项目 已由项目审批/核准/备案机关批准,项目资金来源为其他资金16.15万元,招标 人为天津市海河医院。本项目已具备招标条件,现招标方式为公开招标。

二、项目概况和招标范围

规模:第1包:7个小鼠肺样本单细胞ATAC+RNA多组学测序技术服务1项,具 体内容及要求详见项目需求书,本项目不接受进口产品投标。第2包:2例单细 胞个性化分析服务1项,具体内容及要求详见项目需求书,本项目不接受进口产 品投标。

范围:本招标项目划分为2个标段,本次招标为其中的:

(001)2025年天津市海河医院单细胞个体化分析与小鼠肺ATAC+RNA多组学联合项 目 :

(002)2025年天津市海河医院单细胞个体化分析与小鼠肺ATAC+RNA多组学联合项 目 :

三、投标人资格要求

(0012025年天津市海河医院单细胞个体化分析与小鼠肺ATAC+RNA多组学联合项 目)的投标人资格能力要求:1. 满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条 规定:

2. 落实政府采购政策需满足的资格要求:

(1)按照《关于调整优化节能产品、环境标志产品政府采购执行机制的通知》 (财库(2019)9号)、《关于印发环境标志产品政府采购品目清单的通知》(

财库〔2019〕18号)、《关于印发节能产品政府采购品目清单的通知》(财库

〔2019〕19号)、《市场监管总局关于发布参与实施政府采购节能产品、环境 标志产品认证机构名录的公告》(2019年第16号)等文件要求,对政府采购节 能、环境标志品目清单内的产品实施优先采购和强制采购的评标方法。

(2) 根据财政部、工业和信息化部发布的《政府采购促进中小企业发展管理办 法》规定,本项目专门面向中小企业采购。

(3) 根据财政部发布的《关于政府采购支持监狱企业发展有关问题的通知》规 定,监狱企业视同小型、微型企业。

(4) 根据财政部、民政部、中国残疾人联合会发布的《关于促进残疾人就业政 府采购政策的通知》规定,残疾人福利性单位视同小型、微型企业。

注:小微企业以投标人填写的《中小企业声明函》为判定标准,监狱企业须投 标人提供由省级以上监狱管理局、戒毒管理局(含新疆生产建设兵团)出具的属 于监狱企业的证明文件,残疾人福利性单位以投标人填写的《残疾人福利性单 位声明函》为判定标准,否则不予认定。以上政策不重复享受。

3. 本项目的特定资格要求:

(1) 投标人须提供营业执照或事业单位法人证书或民办非企业单位登记证书或 社会团体法人登记证书或基金会法人登记证书或自然人的身份证明;

(2) 投标人须提供经会计师事务所审计的2023年度或2024年度财务报告或开标 前六个月内银行出具的资信证明或具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度 的书面声明:

(3) 投标人须提供2024年度或2025年度任一月份依法缴纳税收和社会保障资金 的记录或提供"依法缴纳税收和社会保险承诺书";

(4) 投标人须提供投标截止日前3年内在经营活动中没有重大违法记录的书面 声明(截至投标截止日成立不足3年的投标人可提供自成立以来在经营活动中无 重大违法记录的书面声明):

(5) 本项目不接受联合体投标:

(6) 本项目专门面向中小企业采购,投标人须提供《中小企业声明函》或监狱 企业证明文件或《残疾人福利性单位声明函》。;

(0022025年天津市海河医院单细胞个体化分析与小鼠肺ATAC+RNA多组学联合项 目)的投标人资格能力要求:1. 满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条 规定:

2. 落实政府采购政策需满足的资格要求:

(1)按照《关于调整优化节能产品、环境标志产品政府采购执行机制的通知》 (财库(2019) 9号)、《关于印发环境标志产品政府采购品目清单的通知》( 财库(2019)18号)、《关于印发节能产品政府采购品目清单的通知》(财库

(2019) 19号)、《市场监管总局关于发布参与实施政府采购节能产品、环境 标志产品认证机构名录的公告》(2019年第16号)等文件要求,对政府采购节 能、环境标志品目清单内的产品实施优先采购和强制采购的评标方法。

(2)根据财政部、工业和信息化部发布的《政府采购促进中小企业发展管理办 法》规定,本项目专门面向中小企业采购。

(3) 根据财政部发布的《关于政府采购支持监狱企业发展有关问题的通知》规 定,监狱企业视同小型、微型企业。

(4) 根据财政部、民政部、中国残疾人联合会发布的《关于促进残疾人就业政 府采购政策的通知》规定,残疾人福利性单位视同小型、微型企业。

注:小微企业以投标人填写的《中小企业声明函》为判定标准,监狱企业须投 标人提供由省级以上监狱管理局、戒毒管理局(含新疆生产建设兵团)出具的属 于监狱企业的证明文件,残疾人福利性单位以投标人填写的《残疾人福利性单 位声明函》为判定标准,否则不予认定。以上政策不重复享受。

3. 本项目的特定资格要求:

(1) 投标人须提供营业执照或事业单位法人证书或民办非企业单位登记证书或 社会团体法人登记证书或基金会法人登记证书或自然人的身份证明;

(2) 投标人须提供经会计师事务所审计的2023年度或2024年度财务报告或开标 前六个月内银行出具的资信证明或具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度 的书面声明:

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(3) 投标人须提供2024年度或2025年度任一月份依法缴纳税收和社会保障资金 的记录或提供"依法缴纳税收和社会保险承诺书";

(4) 投标人须提供投标截止日前3年内在经营活动中没有重大违法记录的书面

声明(截至投标截止日成立不足3年的投标人可提供自成立以来在经营活动中无 重大违法记录的书面声明);

(5) 本项目不接受联合体投标;

(6) 本项目专门面向中小企业采购,投标人须提供《中小企业声明函》或监狱 企业证明文件或《残疾人福利性单位声明函》。:

本项目不允许联合体投标。

四、招标文件的获取

获取时间:从*开通会员可解锁* 09时00分到*开通会员可解锁* 17时00分

获取方式:1、时间:*开通会员可解锁*至*开通会员可解锁*,每天上午9:00 至12:00,下午14:00至17:00(北京时间,法定节假日除外)。2、地点:天 津滨德招标代理有限公司(天津市河东区九纬路103号万泰大厦10层财务室)。 3、方式:现场现金发售,一经售出,概不退还。4、售价:500元。

五、投标文件的递交

递交截止时间:*开通会员可解锁* 09时30分

递交方式:天津滨德招标代理有限公司(天津市河东区九纬路103号万泰大 厦10层评标室二)纸质文件递交

六、开标时间及地点

开标时间:*开通会员可解锁* 09时30分

开标地点:天津滨德招标代理有限公司(天津市河东区九纬路103号万泰大 厦10层评标室二)

七、其他

1、采购需求:

第1包:7个小鼠肺样本单细胞ATAC+RNA多组学测序技术服务1项:

第2包:2例单细胞个性化分析服务1项。

2、本项目交纳投标保证金:第1包:贰仟伍佰元整,第2包:陆佰元整,投标人 最迟应在提交投标文件截止时间前以支票、本票、汇票、银行汇款或者金融机 构、担保机构出具的保函等非现金形式将投标保证金交至采购代理机构,收到 保证金时间以保证金到账时间为准,如出现支票退票、电汇未到账等情况,按 投标人未缴纳保证金处理。(汇款信息须标注所投项目编号)

14 77.200

开户银行:兴业银行天津河东支行

账号:441*开通会员可解锁*4018

户名:天津滨德招标代理有限公司

3、合同履行期限:自合同签订之日起一年(特殊情况以合同为准)。

八、监督部门

本招标项目的监督部门为无。

九、联系方式

招 标 人:天津市海河医院

地 址:天津市津南区双港镇津沽路890号

联 系 人:张老师

电 话:*开通会员可解锁*

电子邮件:无

招标代理机构:天津滨德招标代理有限公司

地 址:天津市河东区九纬路103号万泰大厦10层

联 系 人: 高雅昕、李丹丹、杨姣姣、郝文杰

电 话:*开通会员可解锁*

电子邮件: zb3@tjbd666.com

招标人或其招标代理机构主要负责人(项目负责人):0(8)(签名)

招标人或其招标代理机构:

项目需求书

第1句:

(一)本包标的名称:7个小鼠肺样本单细胞ATAC+RNA多组学测序技术服务 ;所属行业为:其他未列明行业。

(二)项目背景

拟采取单细胞转录组学联合单细胞染色质可及性测序来刻画肺结核疾病治 疗前后和疾病不同时期下的免疫细胞构建染色质可及性到基因表达的完整调控 网络,来解析相关细胞的异质性,解码表观遗传记忆的分子基础,揭示细胞-微环境互作网络及指导复发预防的靶向因子。

(三)项目内容与交付

1、项目内容:

拟完成7例小鼠肺样本的单细胞ATAC+RNA多组学测序,要求采用一胞双组技 术(即同一个细胞中同时获得ATAC信息与RNA信息),利用微流控平台,进行高 通量单细胞标记与建库,再进行PE150测序,并对下机数据进行生物信息学分析

1.1解离、抽核与质检;

将组织样本解离成细胞悬液;然后按照针对肺样本的抽核方法,进行细胞 核悬液的制备。

对于制备的细胞悬液、细胞核悬液,投标人负责荧光计数仪、光学显微镜 等进行质检,质检合格标准如下:

1.1.1新鲜组织单细胞悬液标准:细胞活率≥85%;细胞结团率≤20%;活细 胞浓度范围:700~1200cells/u1,悬液体积≥100u1;有核率≥65%;细胞直径 范围:5~40um,可包含多种细胞类型;不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分 子:

1.1.2新鲜组织细胞核悬液标准:细胞核数量≥10万;细胞结团率≤20%; 有核率≥65%;浓度700-

2200个/u1;镜检大部分核形态完好,明场无较多杂质;

1.1.3冷冻组织提核:检测RIN值≥7(保证提核的质量);提核后镜检大部 分核形态完好,明场无较多杂质;细胞活率≤5%;细胞核数量≥10000;

1.2单细胞标记与建库:

基于微流控技术原理,利用Barcoded

Beads进行单细胞的分离与标记,通过油包水实现同一细胞的RNA捕获和可及区 序列连接的策略,构建同一细胞的RNA和ATAC两个文库。投标人需具备单细胞( 核)分离标记平台。

单细胞(核)分离标记平台要求:

1.2.1可在3min内生成15万个油包水液滴;

1.2.2单细胞捕获率不低于50%;

1.2.3 1000个细胞双胞率不高于0.3%;捕获细胞数至少6000个;

其中,cDNA与文库,质检合格标准如下:

1.2.4

cDNA产物:浓度(Qubit)≥1ng/μL以上,产物峰形片段范围在250bp-5000bp,主峰在750-2500bp范围;

1.2.5文库:浓度(Qubit)≥5ng/μL,无小片段污染,主峰在350-700bp范围;

1.3上机测序:

测序平台:高通量测序兼容Illunima和国产测序平台,测序模式为PE150, 每个样本ATAC和RNA文库测序的原始数据量均不低于100G。

2、交付指标:

2.1数据概述:

每例样本,单个细胞的测序数据量(Mean raw read pairs per

cell) ATAC和RNA均≥25000 reads; 每个样本测序数据(PE150模式) scRNAseq≥100Gb且scATAC-seq≥100Gb。

DscRNA-seq: median gene per cell≥1000;

Mean raw read pairs per

cell(根据测序数据量及细胞数量,计算得到的平均每个细胞中测到的reads数 量):ATAC和RNA文库中平均每个细胞测到的reads数量≥25000条;

2scATAC-seq(新鲜样本):TSS

enrichment(TSS.enrichment是以TSS为中心的片段与TSS侧翼区域中的片段的比

率即为TSS富集分数)score≥4,Fraction of high-quality fragments in

cells >0.4, Fraction of transposition events in peaks in

cells≥0.25, Fraction of high-quality fragments overlapping

peaks ≥0.25;

2.2重要承诺指标(仅针对质检合格的新鲜样本):

TSS enrichment score>4.

Fraction of high-quality fragments in cells≥0.4,

Fraction of transposition events in peaks in cells>0.25,

Fraction of high-quality fragments overlapping peaks >0.25.

任一样本,以上指标不达标,投标人应支持重新再做一次单细胞ATAC+RNA 多组学实验。

2.3周期:

样品质检合格后30个自然日完成实验;数据产出30个自然日内,完成标准 分析交付(个性化分析与中间沟通时间,不算入内)。

3、生物信息学分析内容:

3.1投标人需配合采购人完成单细胞ATAC+RNA多组学测序后分析工作,可完 成单样本分析、多样本分析和多样本比较分析以及对应的信号通路等标准分析 研究。还可提供采购人定制化分析服务以满足不同的科研需求。

3.2可提供原始数据(Raw FASTQ)、测序质控报告;

3.3提供小样本数据分析结果:

3.4数据格式需兼容Seurat、ArchR、Scanpy等分析平台;

3.5测序数据,可以拓宽多分析维度,例如可变剪切、基因突变、融合基因 以及noncoding RNA的检出分析;

3.6数据交付:原始数据和基因表达矩阵,ATAC

fragment矩阵,提供marker基因库等。

标准分析	分析内容	备注
单样本分析	1. 数据质控	1
	2. 细胞数目、Fragment、peaks- gene、每个细胞基因检出数等统计	1
	3. 细胞Fragmet、TSS、nucleosome signal、基 因数、UMl counts统计分布等	1
	4.pca时图、pca heatmap图、LSI点图	/
	5. scRNA、scATAC组学tSNE、UMAP降维分布; mul tiome的WNN降维分布	1
	6.singleR细胞自动注释	仅限人、小鼠 、大鼠
	7. 展示质控、细胞分群和细胞注释结果	1
	8.Cluster差异可及性分析、motify分析	仅限人、小鼠 和大鼠
	9. Geneactivity分析
多样本分析	1. 数据质控	富集分析仅限 人、小鼠、大 鼠
	2. 多样本细胞数目、Fragment、peaks- gene、每个细胞基因检出数等统计
	3. 多样本细胞Fragmet、TSS、nucleosome_signa 1、基因数、UM1 counts统计分布等
	4. 通过harmony或CA或者merge进行整合聚类, 提供整合后样品UMAP分布
	5. 展示聚类分布图

6.singleR细胞自动注释	仅限人、小鼠
	、大鼠
7. 展示质控、细胞分群和细胞注释结果
8.Cluster 差异可及性、motify分析
9. Geneactivity分析
10. 当对样本设置分组及比较信息时,在样本分	富集分析仅限
组间进行差异基因、差异peak分析以及富集分析	人、小鼠、大
	SH

(四) 服务要求

1、数据和样本的保存

1.1在项目结题、完成全部数据交付后,投标人提供为期壹年的数据保存延 长服务(按照每批次实验数据交付时间来计算);

1.2在项目结题、完成全部数据交付后,投标人提供为期半年的样本保存延 长服务(按照每批次实验数据交付时间来计算);

1.3提供中转硬盘,硬盘剩余存储量不低于1T,进行数据释放。

2、保密服务

提供原始资料、技术路线、实验报告、实验有关的资料结果、价格及相关 知识产权的保密服务,严格执行泄密追责。

3、兜底服务保障:

如有样本数据质控不达标、投标人应支持重新再做一次单细胞ATAC+RNA 多组学实验,满足重做一次的指标如下:ATAC_Fraction_of_high-

quality_fragments_in_cells≤0.4、ATAC_Fraction_of_transposition_ev ents_in_peaks_in_cells≤0.25, TSS enrichment score≤4、Fraction of high-quality fragments overlapping peaks <0.25.

4、上门服务

可提供上门服务。

5、其他服务

针对项目需求,可提供售后沟通及分析服务,包括:结果报告的解读、分 析方案的沟通及调整、定期反馈和沟通项目进展情况、参与文章材料方法撰写 等。

(五)其他重要参数需求:

1、应自主配备微流控单细胞标记仪器,且仪器可在3min内生成15万个油包 水液滴;上样芯片可拆分、灵活运行1-8个样本;

2、可以提供"一胞双组"的ATAC+RNA建库方案;

3、可同时满足突变、融合基因、可变剪切、noncoding RNA的检出。

第2包:

(一)本包标的名称:2例单细胞个性化分析服务;所属行业为:其他 未列明行业。

(二)项目背景

取空洞型肺结核病人人源样本单细胞个性化分析。

(三)技术要求

序号	名称	技术要求
1	2例单细胞 个性化分析 服务	空洞肺结核病人人源样本单细胞个性化分析。 技术目标:完成2个样品的单细胞个性化分析。 1.个性化信息分析: 1)数据质控与统计。 1.1)样本UMI分布统计。 1.2)样本基因数分布统计。 2)cluster聚类和可视化。 2.1)多样本合并去批次效应。 2.2)归一化后数据的聚类分析。 2.3)不同分辨率聚类结果可视化(tsne&umap)。 2.4)不同cluster中细胞比例和数量分布比较

2.5)不同样本中cluster源细胞比例和数量分布比较。
3)Marker基因分析。
3.1)marker基因筛选(Wilcoxon算法)。
3.2)top marker基因heatmap图。
3.3)top marker基因Featureplot图。
3.4)top marker基因vlnplot图。
3.5)top marker基因Dotplot图。
3.6)常见细胞CanonicalMarker Featureplot图。
4)富集分析。
4.1)各cluster上调基因GO富集。
4.2)各cluster上调基因KEGG富集。
4.3)各cluster上调基因GSEA富集。
5)细胞类型注释。
5.1)细胞类型注释(singleR软件)及可视化(t-
SNE, UMAP)。
5.2)细胞类型注释结果多样本展示(t-SNE,UMAP)。
6)亚细胞重汗释。
7) Gene score.

(四)服务要求

严格按照采购人提供的实验方案进行实验。

(五)验收标准

90个工作日内实验完成后,投标人以电子报告形式向采购人提供产生的实验 数据并返还剩余的生物材料。

说明:项目需求书中,带"★"标记的内容为实质性条款,投标人对标"★" 内容不得有负偏离,否则做无效投标处理。