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生态质量样地监测包括森林生态系统样地监测、水体生态系统样地监测、城乡生态系统样地监测和农田生态系统样地监测。 森林生态系统样地监测：基于样方调查乔木层、 灌木层及草本层植物群落的种类组成和数量特征（包括多度或密度、盖度、高度、生物量等），以及主要物种的生活型。 水体生态系统样地监测：湖库监测系统根据湖库形态、湖库面积大小、湖库水文特征、水环境质量等情况，确定监测点位数量和布设位置 ，一般在湖库心、入湖库口、出湖库口布设点位进行浮游动植物及底栖无脊椎动物的监测；河流以监测点为基础，在河中间、河岸两侧设置点作为着生藻类、底栖无脊椎动物、浮游动植物的监测区域。鉴定水生生物的种类、数量、密度、生物量和优势种。 城乡生态系统样地监测：除陆域植被群落和水生生物群落外，其他生物类群主要监测《区域生态质量评价办法》中生物多样性指数的指示物种，包括鸟类、两栖动物以及蝴蝶等种类及数量等。 农田生态系统样地监测：除陆域植被群落和水生生物群落外，其他生物类群主要监测《区域生态质量评价办法》中生物多样性指数的指示物种，包括蚯蚓、鸟类、两栖动物以及蝴蝶等种类及数量等。