高产果用红松基于RAD-seq的KASP标记开发

发布时间：*开通会员可解锁* 11:04:52

项目名称：

联系人：熊欢欢

采购单号：d867c23*开通会员可解锁*0230001

采购方：黑龙江省林业科学研究所

采购预算：*开通会员可解锁*.0000

报价时间：*开通会员可解锁* 21:11:23

需求：

金额构成：购买红松简化基因组测序及指纹图谱服务，单价350元，数量45个，费用合计350元*45个=*开通会员可解锁*元。

技术规格：样品DNA提取及质量检测-简化基因组测序-指纹图谱构建

实验流程：

1. DNA提取及检测：采用试剂盒提取法提取样品DNA，提取后进行凝胶电泳，条带清晰明亮及合格。

2. 简化基因组测序实验流程：根据选定的酶切方案，对检测合格的各样品基因组DNA分别进行酶切实验。对得到的酶切片段进行混样、片段筛选、PCR扩增、文库质检合格后用 Ilumina NovaSeqTM 平台进行测序，测序策略为 Illumina PE150。

3. 生物信息分析：在 RAD-seq 测序数据（RaW Data）下机之后，对下机数据进行质量控制，过滤其中低质量的数据,获得高质量的数据（Clean Data)。利用 BWA-MEME 软件将 Clean Data 比对到参考基因组序列上，获得序列的位置归属（即 BAM 文件）。利用 GATK 软件的 Best Practices 流程对 BAM 文件进行校正，并进行 SNP 标记的检测。利用 SNPEff 软件和参考基因组的基因预测信息进行变异功能注释，得到SNP 的功能注释信息。基于获得的SNP分子标记进一步进行遗传多样性、群体结构、连锁不平衡、选择性消除等遗传进化相关研究。

服务内容：对样品进行处理，以及处理后测序分析。

验收要求：提供简化基因组测序分析报告。

需求名称：高产果用红松基于RAD-seq的KASP标记开发

供应商名称：上海美吉生物医药科技有限公司